武藏 本作主角，是一名機關人。在修行初期只能依靠自身的怪力，而對劍術一竅不通，但之後透過不斷的戰鬥與修行而終於學成了二刀流並且以吉本國最強劍客的目標而努力。 人物原型來自日本著名劍客宮本武藏 ムサシ 声 - 野沢雅子 初登場時、数えで11歳。暴れん坊で食いしん坊のガキ大将。からくり人。物心が付く前にタクアン和尚の寺の軒下に捨てられていた孤児。和尚に食事を恵んでもらったり、畑の作物を盗んだり、蛇を取って食べて生活していた。両親の顔も覚えていないため家族、特に母親への憧れが強い。ジパング一のからくり武芸者になるという夢を持つが、実力は同世代の人間の子供より強い程度。ミヤモト村を半ば追い出されるような形で出た後、剣聖と呼ばれるボクデンに無理やり弟子入りし、剣の技と心を教わる。数々のライバルと戦い、苦難を乗り越えてゆくことでからくり武芸者として成長してゆく。気合が充実すると胸に『武蔵』の文字が浮かぶ。得物は木刀、名匠コテツの二刀、天空丸・天地丸と変わってゆく。ボクデンの修行が終わった後も実力者には敵わなかったが、天空丸・天地丸を手に入れ、二天一流を編み出

小次郎 本作的另一主角，為武藏的好對手和好友。是一位有著俊俏外表和用詞講究的天才劍士。擅長以愛刀長竹竿使用出絕技「燕返」。 人物原型來自日本著名的天才劍客佐佐木小次郎。 コジロー 声 - 伊倉一恵 初登場時、数えで13歳。フルネームはミスターコジロー。流派は巌流。からくり人。全国に名の知れた武芸者でモノホシザオと呼ばれる背の丈よりも長い刀（セキノマゴロク）を使う。幼少の頃よりモノホシザオを使いこなすために星飛雄馬のような修行を重ねてきた。モノホシザオがクマソンに折られた後は抜け殻のようになるが、伝説の秘剣・鳳凰丸に認められ自信を取り戻す。必殺技は秘剣・ツバメ返し。この世界ではコジローがツバメ返しでツバメの尾を切ったことからツバメの尾は二又に分かれるようになったらしい。ミヤモト村でムサシに勝負を挑まれこてんぱんにするが、秘めた実力を感じ、ムサシの後を追い自分に見合ったライバルになるよう見守るようになる。武芸大会決勝トーナメント決勝戦でジュウベエと一刻に渡る試合をし敗れる。敗因は若さゆえの慢心。センヒメとの旅ではムサシの上司を自称し、金銭面の管理も行

阿鶴 武藏的青梅竹馬女朋友，無條件地喜歡武藏，很會做飯糰。 オツル 声 - 水谷優子 初登場時、数えで10歳。センヒメに指摘されるほど出番は少ないが本作のヒロイン。ミヤモト村の村娘。人間。ムサシの想い人。暴れ者と評判だったムサシの勇気と優しさを信じており、旅立ちを手助けした。その後もミヤモト村でムサシの無事を祈る。ムサシ曰く「立派な武芸者になってオツルさんをお嫁さんにするだス」武芸大会を見物するためにタクアン和尚と二人でエドトピアに出てくるがモデルのキャラクターよろしく、ムサシとはすれ違いを続ける。第二回武芸大会でムサシの活躍を見るため、ゼニガタンの家で居候しながら団子屋で働く。センヒメとムサシの仲の良さを勘違いしてやきもちを焼くが誤解は解け、センヒメらと同行する。 モデルは吉川英治の『宮本武蔵』に登場するお通。

澤庵 人物原型來自日本著名的僧侶澤庵宗彭。 タクアン 声 - 宮内幸平 ミヤモト村の寺の和尚。からくり人。ムサシの育ての親であり、ムサシに厳しく接するが彼の成長を一番に願っている。ムサシが旅立った後もオツルと一緒にムサシの無事を祈る。 モデルは沢庵宗彭。

卜傳 人物原型來自日本著名劍客塚原卜傳。 ボクデン 声 - 富山敬 剣聖や無刀取りの剣聖と呼ばれる剣の達人。からくり人。フルネームはツカハラボクデン。得意技は無刀取り。弟子を取らない主義であったが、ムサシの強引さに根負けし弟子入りを認め、数ヶ月に渡る修行をつける。剣の極意は「戦わずして勝つ」と説く。 モデルは塚原卜伝。

吉岡清十郎 セイジュウロー（声・大塚明夫） 全国規模で展開するヨシオカ道場の三代目の当主。新設のオカヤマーナ支店の視察の際、門下生を懲らしめていたムサシを殺そうとする。助けに入った無手のボクデンに小便をかけられた上、あっさり敗れる。フルネームはヨシオカセイジュウロー。その後、ミヤコパレス支店でムサシと試合をするが、舐めきった態度を取り敗れる。ちなみにヨシオカ道場はごろつきのような連中が多く町での評判は悪い。ヨシオカ道場の正式名称は（株）ヨシオカ道場である。なお、他流試合を禁じている。 モデルは吉岡清十郎。

吉岡伝七郎 デンシチロー 声 - 大滝進矢 セイジュウローの弟。ヨシオカ道場師範代。「自分の頼み断ったら殺す」と言うほど冷酷な人物。コテツに刀を授かったムサシに敗れる。刀匠のコテツ曰く「こんな奴を斬ったら、刀が汚れる」。 モデルは吉岡伝七郎。

近藤勇 コンドウ 声 - 小野健一 シンセン組局長。ミヤコパレスを混乱させるとしてリョウマを追っている。必殺技はシンセン斬り。ジパング武芸大会決勝トーナメントに進出。一回戦でジュウベエに敗れる。 モデルは近藤勇。

龍馬 人物原型來自日本幕末著名志士坂本龍馬。 リョウマ 声 - 井上和彦 ジパング国を食糧が豊富で争いのない平和な国に変えようと活動するからくり人。戦いを好まず「逃げることも兵法の一つ」というスタンスをとる。剣の腕も立つが、煙玉と実弾を発射する拳銃を愛用する。「いろは丸」という木造帆船を所有。語尾に「〜ぜよ」がつく。（リョーマと書かれる場合もある。） モデルは坂本龍馬。

宝蔵院覚禅房胤栄 ホーゾーイン 声 - 山口健 ホーゾー院という寺院でホーゾーイン流槍術を教えている僧兵。秘密主義のホーゾー院に対し、ジュウベエは討幕をたくらんでいると疑ったが、その瞳の輝きに誤解が解ける。先が三つ叉に分かれ、突くと切るを兼ね備えた鎌槍を使う。流派は当然、ホーゾーイン流槍術。必殺技は地獄風車。ジパング武芸大会で決勝トーナメントに進みシード枠を獲得するが準決勝でジュウベエに敗れる。 モデルは初代宝蔵院覚禅房胤栄

十兵衛 家康的手下，擔任監視各地情勢的人並且到處旅行。雖然外表看似冷酷，但內心其實是個熱血漢子。 人物原型來自日本著名劍客柳生三嚴。 ジュウベエ 声 - 速水奨 将軍家剣術指南役である柳生家の人物だが、エドトピアの将軍・イエヤスに仕える警察局の長官。フルネームは柳生ジュウベエ。部下は深い藍色の忍装束を着たコウガ忍者。天下一のジュウベエとも呼ばれている。からくり人。流派は柳生神蔭流。必殺技は秘剣・一の太刀、奥義・灯篭返し、追風の太刀。編笠を被り、浪人の格好で身分を隠し、諸国を監視して回るのが仕事。葵の紋を右腕の肘部分にあるカバーの下に隠している。正義感溢れ、礼節を重んじ、立場を超えて言うべきことはいう好青年。第一回ジパング武芸大会優勝者。終盤でチョウヒアーマーを着用し、同時に雷鳴丸という槍を渡される。 モデルは柳生十兵衛。

梅軒 擅長使用鎖鍊鐮刀的劍客。為武藏的對手之一並且有一對幼小的弟妹。是個即使窮困，卻還是為正義而生的男人。 人物原型來自武藏的名對手穴戶梅軒 バイケン 声 - 石丸博也 辺鄙な土地で貧しい暮らしをする百姓。からくり人。人間であるイッケンとニケンという二人の弟とオハルという妹との4人暮らし。生まれた村を支配した大名を倒し両親の仇を討つために腕を磨き、クサリガマを発明した。ムサシがボクデンの弟子と知り、自分の実力を試すべく真剣勝負を挑む。堅物な性格で、兄弟に邪魔をされた勝負を「約束を守れなかった」として負けを譲らなかった。兄弟の掟は「渇しても盗泉の水を飲まず」。一人称は「オラ」で語尾に「〜バイ」がつく。流派はクサリガマ流。必殺技は首刈り鎌。武芸大会決勝トーナメント一回戦でウシワカに敗れる。なお、武芸大会ではクサリガマを代用できる武器がなかったため、刃の部分に革のカバーを付けて参加した。実力が認められヤマガターダで仕官したが、結局武士の暮らしが合わず、ホッカイドーへ移住。ラーメン屋でアルバイトをした後、開拓村で農業を営む。 モデルは宍戸梅軒。